See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2023-06-02 13:25:31 -0400 (Fri, 02 Jun 2023).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3081)
2TCGAbiolinksGUI.data (2558)
3HSMMSingleCell (2334)
4celldex (2157)
5airway (1730)
6scRNAseq (1453)
7geneLenDataBase (1382)
8pasilla (840)
9tximportData (720)
10ChAMPdata (568)
11bladderbatch (567)
12Illumina450ProbeVariants.db (499)
13GSVAdata (472)
14sesameData (464)
15msdata (453)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (13)
abind (1)
adabag (1)
adductData (39)
ade4 (1)
adegenet (1)
ADGofTest (1)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (12)
AER (1)
affxparser (1)
affy (1)
affycompData (26)
affycoretools (1)
affydata (318)
Affyhgu133A2Expr (28)
Affyhgu133aExpr (33)
Affyhgu133Plus2Expr (42)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (78)
Affymoe4302Expr (30)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (0)
AgiMicroRna (1)
agricolae (3)
AIMS (0)
airway (1730)
ALDEx2 (1)
aldvmm (1)
ALL (3081)
all (0)
allenpvc (1)
ALLMLL (112)
alphashape3d (1)
alpineData (30)
AMARETTO (1)
Amelia (1)
amgen.okta.client (1)
AmpAffyExample (24)
ANCOMBC (1)
AneuFinderData (72)
animation (1)
annaffy (1)
annotate (2)
AnnotationDbi (5)
AnnotationFilter (1)
AnnotationForge (1)
AnnotationHub (1)
antiProfilesData (55)
AnVIL (1)
apcluster (1)
ape (4)
apeglm (1)
apexcharter (1)
aplot (5)
aqp (1)
aracne.networks (51)
argparse (4)
arm (1)
aroma.affymetrix (3)
aroma.apd (3)
aroma.core (4)
aroma.light (0)
arrayhelpers (1)
arrayop (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (44)
arrow (6)
arsenal (1)
arules (14)
asciicast (1)
ASExtras4 (1)
ash (3)
AshkenazimSonChr21 (14)
ashr (1)
asht (1)
ASICSdata (28)
AsioHeaders (1)
askpass (1)
asremlPlus (1)
assert (1)
assertive.properties (1)
assertr (1)
assertthat (1)
AssessORFData (24)
ASSET (0)
ATE (1)
AUCell (1)
av (1)
aws.s3 (3)
aws.signature (3)
Azimuth (1)

B

babelgene (1)
babelmixr2 (1)
backports (43)
BADER (0)
badger (1)
baguette (1)
ballgown (1)
BART (1)
base64enc (1)
base64url (1)
batchelor (1)
BatchJobs (1)
batchtools (1)
BayesFactor (1)
bayesmeta (1)
bayesplot (4)
bayestestR (1)
baySeq (1)
BB (1)
BBmisc (1)
bbmle (1)
bbr (1)
bcellViper (427)
bdsmatrix (1)
beachmat (1)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (45)
BeadArrayUseCases (23)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (15)
beeswarm (1)
bench (1)
benchmarkfdrData2019 (16)
benchmarkme (1)
BentoBoxData (0)
beta7 (18)
bezier (1)
BH (43)
BiasedUrn (4)
bibtex (1)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
biglm (1)
bigmemory (1)
bigparallelr (1)
bigreadr (1)
bigrquery (4)
bigsnpr (1)
bigsparser (1)
bigstatsr (1)
bigutils (1)
bigutilsr (1)
billboarder (1)
binom (1)
binr (1)
bio3d (1)
Biobase (2)
bioc::GenomeInfoDbData (1)
BiocCheck (1)
BiocFileCache (1)
BiocGenerics (3)
BiocInstaller (1)
BiocIO (1)
BiocManager (14)
BiocNeighbors (1)
Bioconductor (1)
BiocParallel (6)
BiocSingular (1)
BiocStyle (1)
BiocVersion (10)
biocViews (1)
BioImageDbs (17)
biomaRt (1)
biomartr (1)
biomformat (1)
BioPlex (18)
biostatUtil (1)
Biostrings (6)
biotmleData (37)
BioVersion (1)
biovizBase (1)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (42)
bit (8)
bit64 (2)
bitops (1)
bizdays (1)
bladderbatch (567)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blimaTestingData (28)
blme (4)
blob (39)
blockcluster (1)
blogdown (1)
BloodCancerMultiOmics2017 (37)
bluster (1)
BMA (1)
bnlearn (1)
bodymapRat (27)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (10)
boot (11)
bootstrap (1)
box (1)
bpcp (1)
brainImageRdata (2)
brave (1)
breakpointRdata (49)
breastCancerMAINZ (81)
breastCancerMKI (1)
breastCancerNKI (68)
breastCancerTRANSBIG (57)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (48)
breastCancerUPP (56)
breastCancerVDX (96)
brew (39)
brgedata (30)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (1)
brickster (1)
bridgesampling (1)
brio (1)
brms (1)
Brobdingnag (1)
broman (1)
bronchialIL13 (14)
broom (39)
broom.helpers (1)
broom.mixed (1)
bs4Dash (1)
BSgenome (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (1)
bslib (15)
bsplus (1)
bsseqData (63)
btergm (1)
bumphunter (1)
butcher (1)
bvls (1)

C

C50 (1)
cache (1)
cachem (27)
Cairo (1)
callr (42)
callthat (1)
CAMERA (1)
campsismod (1)
cancerdata (28)
car (36)
carData (1)
CardinalWorkflows (37)
caret (34)
castor (1)
Category (1)
caTools (1)
cba (1)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (60)
CCl4 (42)
ccTutorial (15)
celarefData (21)
celda (1)
celldex (2157)
CellMapperData (23)
cellranger (1)
cem (1)
ceu1kg (2)
ceu1kgv (2)
ceuhm3 (2)
cgdsr (1)
cgdv17 (3)
CGHbase (1)
cghMCR (0)
ChAMP (1)
ChAMPdata (568)
champdata (1)
changepoint (1)
charmData (2)
checkmate (3)
cheung2010 (1)
ChIC.data (35)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (16)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (70)
ChIPexoQualExample (26)
ChIPQC (0)
ChIPseeker (1)
chipseq (0)
chipseqDBData (28)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (32)
chk (1)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromote (1)
chromstaRData (73)
chron (1)
circlesize (1)
circlize (1)
cisPath (0)
CiteFuse (1)
Ckmeans.1d.dp (1)
class (37)
classInt (5)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
cli (51)
clinfun (1)
clinPK (1)
ClinViz (1)
clippda (0)
clipper (0)
clipr (26)
CLL (200)
CLLmethylation (17)
clock (8)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clue (5)
CluMSIDdata (33)
cluster (37)
clusterCrit (1)
clusterGeneration (1)
clustermq (1)
clusterprofielr (1)
clusterProfiler (1)
ClusterR (1)
clusterStab (0)
clusthaplo (1)
clustifyrdatahub (26)
CMA (0)
cMap2data (36)
cmdstanr (1)
cmprsk (1)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (20)
cnvgsadata (1)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobalt (1)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
coda (1)
codelink (0)
codetools (8)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (52)
coin (1)
collapse (1)
collections (1)
coloc (4)
colonCA (41)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (4)
colorspace (17)
colourpicker (1)
colourvalues (1)
coMET (0)
commentr (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (56)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (5)
complexheatmap (1)
compositions (1)
CompQuadForm (1)
condiments (1)
CONFESSdata (22)
config (1)
conflicted (4)
ConnectivityMap (21)
connectwidgets (1)
conquer (1)
ConsensusClusterPlus (0)
consort (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (41)
copula (1)
CopyhelpeR (57)
CopyNeutralIMA (17)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
coro (1)
corpcor (1)
CORREP (0)
corrplot (1)
corrr (1)
CoSIAdata (3)
COSMIC.67 (43)
cosmiq (0)
cosmosR (1)
COSNet (0)
covr (35)
covRNA (1)
cowplot (1)
cpp11 (9)
cpvSNP (0)
cqn (0)
crayon (35)
CRCL18 (12)
creatr (1)
credentials (1)
CRImage (0)
crisprScoreData (81)
crlmm (0)
crosstalk (38)
crrri (1)
crrry (1)
crul (2)
csaw (0)
CSSP (0)
csv (1)
ctc (0)
cubature (1)
cubelyr (1)
Cubist (1)
cummeRbund (1)
curatedAdipoArray (17)
curatedAdipoChIP (16)
curatedAdipoRNA (15)
curatedBladderData (26)
curatedBreastData (30)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (262)
curatedOvarianData (50)
curatedTBData (16)
curatedTCGAData (244)
curl (40)
customProDB (0)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (1)
cycle (0)
cyclocomp (1)
cytofkit (0)
cytolib (1)

D

d3r (1)
dada2 (1)
dae (1)
dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (116)
DART (0)
DASiR (0)
data.table (37)
data.tree (1)
datamods (1)
datapipeline (1)
datawizard (1)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (16)
dbarts (1)
DBChIP (0)
DBI (6)
DBItest (1)
dbplyr (28)
dbscan (1)
ddalpha (1)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (1)
DeconRNASeq (1)
decoupleR (1)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (1)
DelayedArray (1)
DelayedMatrixStats (5)
deldir (1)
dendextend (33)
dendsort (1)
densEstBayes (1)
densityClust (1)
DEoptim (1)
DEoptimR (2)
DEP (1)
depmap (369)
derfinder (1)
derfinderData (49)
derfinderHelper (1)
Deriv (1)
desc (38)
DescTools (1)
DESeq (1)
DESeq2 (2)
deSolve (31)
DeSousa2013 (15)
destiny (0)
devtools (38)
DExMAdata (32)
DEXSeq (1)
dexus (0)
dfidx (1)
DFP (0)
DHARMa (1)
DiagrammeR (1)
dials (4)
DiceDesign (1)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (1)
DiffBind (0)
diffdf (1)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (21)
diffobj (1)
digest (58)
diggit (0)
diggitdata (23)
dimRed (1)
directlabels (1)
DirichletMultinomial (1)
disk.frame (1)
distill (1)
distr (1)
distributional (5)
dittodb (1)
dittoSeq (1)
dks (0)
DLBCL (95)
dlstats (1)
dm (1)
DmelSGI (24)
DMRcaller (0)
DMRcate (1)
DMRcatedata (200)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
DNAZooData (3)
DO.db (1)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (2)
doFuture (1)
domainsignatures (0)
doMC (1)
DonaPLLP2013 (13)
donapllp2013 (0)
doParallel (21)
DOQTL (0)
doRNG (1)
dorothea (374)
DOSE (1)
DoseFinding (1)
doSNOW (1)
dotCall64 (1)
downlit (1)
downloader (1)
dparser (1)
dplyr (83)
dqrng (4)
drake (1)
drc (1)
dream (1)
DREAM4 (9)
dressCheck (14)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (186)
DropletUtils (1)
DRR (1)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (35)
dspNgs (1)
dsQTL (2)
DSS (0)
DT (50)
DTA (0)
dtplyr (27)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (0)
duckdb (1)
DuoClustering2018 (62)
DupChecker (0)
dupRadar (1)
DvDdata (12)
dyebias (0)
dyebiasexamples (22)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1)

E

e1071 (5)
earth (1)
easierData (78)
EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (15)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (1)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecodist (1)
ecoliLeucine (30)
ecolitk (0)
ECOSolveR (1)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (5)
egg (3)
EGSEAdata (150)
eha (1)
eisa (0)
elasticsearchr (1)
ELBOW (0)
ellipse (31)
ellipsis (4)
ELMER (0)
ELMER.data (208)
emayili (1)
embed (1)
emdbook (1)
EMDomics (0)
emmeans (34)
EMMREML (1)
emtdata (20)
enc (1)
ENCODEFig4Band4D (1)
encoDnaseI (2)
encodnasei (0)
engitomixmk2 (1)
english (1)
EnhancedVolcano (1)
enhancedvolcano (1)
EnrichedHeatmap (0)
enrichplot (1)
enrichR (1)
ensembldb (1)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
Epi (1)
epigenomix (0)
EpiMix.data (20)
epimutacionsData (39)
epiR (1)
epitools (1)
erccdashboard (0)
ergm (1)
erma (0)
ESNSTCC (0)
esquisse (1)
estimability (3)
estrogen (79)
etec16s (20)
eudysbiome (0)
evaluate (62)
evd (1)
ewceData (107)
Exact (1)
exactRankTests (1)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
ExomeDepth (1)
ExperimentHub (1)
explorase (0)
ExploreModelMatrix (1)
expm (1)
ExpressionView (0)
expss (1)
extraDistr (3)
extrafont (1)
extrafontdb (1)
extraTrees (1)

F

faahKO (206)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (1)
facsDorit (3)
factDesign (0)
FactoMineR (30)
fansi (43)
FANTOM3and4CAGE (27)
farms (0)
farver (4)
fastcluster (1)
fastDummies (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (1)
fastmap (12)
fastmatch (1)
fastseg (0)
fasttime (1)
fauxpas (1)
fBasics (1)
fCI (0)
FD (1)
fda (4)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (1)
fdrame (0)
fds (3)
feature (1)
FEM (0)
ff (36)
ffpe (0)
ffpeExampleData (21)
FGNet (0)
fgsea (1)
fibroEset (60)
FieldEffectCrc (17)
fields (1)
filehash (1)
filelock (2)
filesstrings (1)
finalfit (1)
FindMyFriends (0)
findpython (2)
FIs (52)
FISHalyseR (0)
fission (235)
fit.models (1)
fitdistrplus (2)
fixest (1)
flagme (0)
flashClust (1)
Fletcher2013a (46)
Fletcher2013b (39)
flexclust (1)
flexdashboard (1)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flextable (5)
flipflop (0)
flock (1)
flowAI (1)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (2)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (29)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (1)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (1)
FlowSorted.Blood.450k (247)
FlowSorted.Blood.EPIC (145)
FlowSorted.CordBlood.450k (31)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (40)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (18)
FlowSorted.DLPFC.450k (127)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (1)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (125)
fmcsR (0)
fmsb (1)
FNN (3)
focalCall (0)
foghorn (1)
fontawesome (27)
forcats (7)
foreach (5)
forecast (1)
foreign (4)
forestplot (1)
fork (1)
formatR (8)
formatters (1)
Formula (2)
formula.tools (1)
forrester.metadata (1)
FourCSeq (0)
fourDNData (3)
fpc (1)
fracdiff (1)
FRASER (1)
fresh (2)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (25)
frmaTools (0)
fs (74)
fstcore (1)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (2)
furrowSeg (13)
furrr (5)
future (36)
future.apply (5)
future.batchtools (1)
future.callr (1)
fuzzyjoin (1)

G

g3viz (1)
GA (1)
gaga (0)
gage (0)
gageData (321)
gaggle (0)
gaia (0)
gam (1)
gamlss (1)
gamlss.dist (1)
gamm4 (1)
gap (1)
gargle (23)
gaschYHS (14)
gaston (1)
gatingMLData (18)
gaucho (0)
gbm (1)
gcatest (0)
gclus (1)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (43)
gdata (2)
gDNAinRNAseqData (3)
gdsfmt (1)
gdtools (4)
gee (1)
geecc (0)
geepack (1)
geigen (1)
gemma.R (1)
gemtc (1)
GenABEL (3)
GenABEL.data (3)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (1)
geneLenDataBase (1382)
genelendatabase (1)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
generics (5)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (1)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (1)
GENIE3 (1)
genoCN (0)
genomationData (58)
GenomeGraphs (1)
GenomeInfoDb (7)
GenomeInfoDbData (2)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicDistributionsData (48)
GenomicFeatures (5)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
GenomicFiles (1)
GenomicRanges (2)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (1)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GenSA (1)
GEOmap (1)
GEOmetadb (0)
geometries (1)
geometry (1)
GeomxTools (1)
GEOquery (1)
geoR (1)
geosphere (4)
GEOsubmission (0)
gert (6)
gespeR (0)
GetoptLong (1)
gettz (1)
GeuvadisTranscriptExpr (30)
geuvPack (2)
geuvStore (1)
geuvStore2 (2)
GEWIST (0)
gfonts (1)
ggalluvial (1)
GGally (1)
gganimate (1)
GGBase (0)
ggbeeswarm (1)
ggbio (1)
ggbreak (1)
ggcorrplot (1)
ggdag (1)
GGdata (4)
ggdendro (3)
ggdist (1)
ggeasy (1)
ggeffects (1)
ggExtra (1)
ggfittext (1)
ggforce (2)
ggformula (1)
ggfortify (1)
ggfun (5)
gggenes (1)
ggh4x (1)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggiraph (1)
ggm (1)
ggmap (29)
ggnewscale (3)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (43)
ggplotify (1)
ggPMX (1)
ggpointdensity (2)
ggpubr (5)
ggRandomForests (1)
ggraph (2)
ggrastr (1)
ggrepel (6)
ggridges (5)
ggsci (32)
ggseqlogo (3)
ggsignif (2)
ggstance (1)
ggstatsplot (1)
ggsurvfir (1)
ggsurvfit (1)
ggtext (1)
ggthemes (3)
ggtree (5)
ggtut (1)
ggVennDiagram (1)
gh (37)
ghql (1)
GIGSEAdata (12)
git2r (32)
gitcreds (5)
GLAD (1)
gld (1)
glmGamPoi (1)
glmmADMB (1)
glmmTMB (1)
glmnet (5)
glmnetUtils (1)
GlobalAncova (1)
GlobalOptions (1)
globals (6)
globaltest (1)
glpkAPI (1)
glue (6)
gMCP (1)
GMD (1)
gmm (1)
gmodels (1)
gmp (5)
gnm (1)
GO.db (1)
goftest (1)
GOFunction (0)
golem (1)
golubEsets (232)
googledrive (23)
googlesheets4 (27)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
gower (4)
gpaExample (33)
GPArotation (30)
GPfit (1)
gplots (2)
graph (1)
graphite (0)
graphlayouts (2)
graphql (1)
grf (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridtext (1)
grndata (37)
GSBenchMark (23)
gscounts (1)
gsDesign (1)
GSE103322 (30)
GSE13015 (26)
GSE159526 (12)
GSE62944 (53)
GSEABase (1)
gskb (4)
gsl (1)
gsmoothr (3)
gson (1)
gsrc (1)
gss (1)
GSVA (1)
GSVAdata (472)
gsvadata (0)
gt (1)
gtable (46)
gto (1)
gtools (6)
gtsummary (1)
gtx (1)
Gviz (1)
GWASdata (69)
GWASExactHW (3)
gwasrapidd (1)
GWASTools (1)
gWidgets2tcltk (1)

H

h2o (1)
h5vcData (73)
HandTill2001 (1)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (32)
hapmap500knsp (14)
hapmap500ksty (14)
hapmapsnp5 (35)
hapmapsnp6 (39)
harbChIP (18)
hardhat (31)
HarmanData (38)
HarmonizedTCGAData (19)
harmony (1)
haven (7)
HCAData (68)
HD2013SGI (35)
HDCytoData (132)
HDF5Array (6)
hdf5r (1)
HDInterval (4)
hdrcde (3)
healthyControlsPresenceChecker (11)
healthyFlowData (21)
heatmaply (5)
HEEBOdata (20)
heemod (1)
HelloRangesData (39)
here (1)
Herper (1)
hexbin (2)
hgu133abarcodevecs (12)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2.db (1)
hgu133plus2barcodevecs (12)
hgu133plus2CellScore (20)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (12)
HiCBricks (1)
HiCDataHumanIMR90 (33)
HiCDataLymphoblast (22)
HiContactsData (59)
hierfstat (1)
highlight (1)
HighlyReplicatedRNASeq (13)
highr (38)
Hiiragi2013 (91)
HIVcDNAvantWout03 (13)
Hmisc (2)
HMP16SData (37)
HMP2Data (25)
hms (59)
hmyriB36 (1)
Homo.sapiens (1)
Hoover (1)
hopach (1)
hsm (1)
HSMMSinglecel1 (1)
HSMMSingleCell (2334)
htmlTable (2)
htmltools (94)
htmlwidgets (93)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (1)
httpuv (26)
httr (66)
httr2 (17)
HumanAffyData (23)
humanStemCell (83)
hunspell (1)
huxtable (1)
hwriter (1)

I

ica (1)
idr (1)
ids (1)
igraph (8)
IHW (1)
IHWpaper (16)
Illumina450ProbeVariants.db (499)
IlluminaDataTestFiles (75)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (1)
imcdatasets (34)
imcRtools (1)
iml (1)
impute (1)
ind1KG (1)
infer (5)
infercnv (1)
influenceR (2)
ini (1)
InkblotAnalytics (11)
INLA (1)
inline (1)
insight (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
interp (1)
intervals (1)
inum (1)
iontreeData (1)
ipaddress (1)
ipred (31)
IRanges (7)
IRkernel (1)
irlba (5)
irr (1)
Iso (1)
isoband (16)
isva (3)
ISwR (1)
ITALICSData (34)
iterators (5)
itertools (1)
ivpack (1)
Iyer517 (12)

J

JADE (1)
janitor (1)
JASPAR2014 (50)
JASPAR2016 (121)
JavaGD (1)
JctSeqData (3)
jctseqdata (1)
JM (1)
joineRML (1)
jomo (1)
jose (1)
jpeg (2)
jquerylib (1)
jsonlite (51)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (1)

K

kableExtra (1)
KaryoploteR (0)
karyoploteR (1)
KEGG.db (1)
KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (39)
KEGGdzPathwaysGEO (172)
KEGGgraph (1)
keggorthology (0)
KEGGprofile (1)
KEGGREST (1)
keras (1)
kernlab (1)
KernSmooth (2)
keyring (1)
kidpack (14)
kknn (1)
klaR (1)
km.ci (1)
KMsurv (1)
knitr (43)
knockoff (1)
KOdata (38)
kohonen (1)
kpmt (1)
ks (1)
kSamples (1)

L

labdsv (1)
labeling (1)
labelled (1)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
languageserver (1)
lares (1)
later (59)
latex2exp (1)
lattice (7)
latticeExtra (3)
lava (5)
lavaan (33)
lazyeval (23)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
leaflet (1)
leaps (1)
learnr (1)
leeBamViews (50)
leiden (5)
leidenbase (4)
lemon (1)
leukemiasEset (101)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (4)
liana (1)
libcoin (1)
LiblineaR (4)
LiebermanAidenHiC2009 (12)
lifecycle (7)
lightgbm (1)
limma (17)
limmaGUI (1)
linprog (1)
lintr (4)
listenv (5)
ListerEtAlBSseq (13)
lixoftConnectors (1)
lixoftConnectors.1 (1)
lixoftConnectors.2 (1)
lm.beta (1)
lme4 (41)
lmerTest (1)
lmom (1)
lmomco (1)
lmtest (2)
lobstr (1)
locfit (8)
log4r (1)
logger (1)
logistf (1)
loo (2)
lotri (1)
lpSolve (1)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1)
LRcellTypeMarkers (30)
lsa (4)
lsei (1)
lubridate (7)
lumi (1)
lumiBarnes (28)
LungCancerACvsSCCGEO (29)
LungCancerLines (34)
lungExpression (44)
lydata (36)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (49)
M3Drop (1)
macrophage (162)
MACSdata (28)
MACSr (1)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
magic (1)
magick (1)
magrittr (17)
maic (1)
mailR (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
maketools (1)
MALDIquant (2)
mammaPrintData (17)
manipulateWidget (1)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKLData (20)
mapproj (1)
maps (1)
maptools (6)
maptree (1)
maqcExpression4plex (34)
MAQCsubset (21)
MAQCsubsetAFX (2)
MAQCsubsetILM (12)
marinerData (12)
Markdown (1)
markdown (42)
marray (1)
maSigPro (1)
MASS (58)
MassSpecWavelet (1)
MAST (1)
Matching (1)
MatchIt (1)
mathjaxr (4)
Matrix (51)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixGenerics (2)
MatrixModels (5)
matrixStats (8)
MBA (1)
mboost (1)
mc2d (1)
MCAData (1)
mclogit (1)
mclust (1)
mcmc (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (1)
MCPcounter (1)
mCSEAdata (57)
mcsurvdata (16)
mda (1)
MEALData (1)
MEDIPSData (37)
MEEBOdata (22)
memisc (1)
memoise (8)
MerfishData (16)
MeSHDbi (1)
meta (1)
Metab (0)
metabaser (1)
metafor (1)
metagenomeSeq (1)
MetaGxBreast (25)
MetaGxOvarian (20)
MetaGxPancreas (19)
metaMA (4)
metaMS (0)
metaMSdata (47)
metap (4)
MetaScope (4)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (22)
methylclockData (84)
MethylMix (0)
MethylSeqData (15)
methylumi (1)
methyvimData (1)
mets (1)
Mfuzz (1)
mgcv (47)
mice (5)
microbenchmark (1)
MicrobiomeBenchmarkData (11)
microbiomeDataSets (80)
microRNAome (16)
MIGSAdata (24)
mime (29)
minet (0)
minfi (1)
minfiData (360)
minfiDataEPIC (73)
minionSummaryData (31)
miniUI (1)
minpack.lm (1)
minqa (6)
miRcompData (28)
miRNATarget (22)
misc3d (1)
miscTools (1)
mitml (1)
mitoODEdata (2)
mixOmics (1)
mixsqp (5)
mixtools (1)
mlbench (1)
mlegp (1)
mlr (1)
mlr3 (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
MMAPPR2data (36)
MMDiffBamSubset (22)
mmrm (1)
mnormt (5)
MNP (1)
mockr (1)
modeldata (4)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (27)
modeltools (1)
MOFA2 (1)
MOFAdata (85)
morpheus (1)
mosaicCore (1)
mosaicsExample (77)
motifmatchr (1)
mouse4302barcodevecs (11)
mouse4302frmavecs (1)
MouseGastrulationData (117)
MouseThymusAgeing (55)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1)
MSBdata (1)
MsCoreUtils (1)
msd16s (28)
msdata (453)
MsFeatures (1)
msigdb (280)
msigdbr (1)
msm (1)
MSMB (64)
MSnbase (1)
msPurityData (33)
msqc1 (12)
MSstatsBioData (1)
MSstatsQC (0)
MSstatsTMT (1)
MSstatsTMTs (1)
mstate (1)
mtbls2 (60)
MTseekerData (1)
MUGAExampleData (13)
muhaz (1)
Mulder2012 (1)
multcomp (1)
multcompView (28)
MultiAssayExperiment (1)
multidplyr (1)
multiGSEA (1)
multinichenetr (1)
multinma (1)
multipanelfigure (1)
multtest (1)
MuMIn (1)
munsell (1)
muscat (1)
muscData (115)
muscle (1)
MutationalPatterns (1)
mutoss (3)
mvnfast (1)
mvoutData (20)
mvtnorm (1)
mygene (0)
mzID (1)
mzR (1)

N

n1qn1 (1)
nabor (1)
NADA (3)
naniar (1)
NanoporeRNASeq (57)
NanoStringNCTools (1)
nanostringr (1)
nanotime (1)
nanotubes (22)
narray (1)
nasapower (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
ncdf4 (1)
ncdf4.1 (1)
ncdfFlow (1)
NCIgraphData (13)
ndexr (1)
ndjson (1)
NestLink (14)
NetActivityData (23)
netDx.examples (1)
network (1)
NeuralNetTools (1)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (32)
nhanesA (1)
nleqslv (1)
nlme (54)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nloptr (37)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (3)
NMproject (1)
nnet (34)
nnls (1)
NOISeq (1)
NonCompart (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
norm (1)
npde (1)
npsurv (1)
nullrangesData (71)
numbat (1)
numDeriv (1)
NxtIRFdata (67)

O

ObMiTi (14)
oct4 (11)
octad.db (19)
odbc (1)
officedown (1)
officer (5)
oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
omicsbase (1)
OMICsPCAdata (32)
OnassisJavaLibs (16)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oneChannelGUI (0)
ontologyIndex (6)
openssl (86)
openxlsx (6)
operator.tools (1)
optextras (1)
optimalFlowData (26)
optimx (1)
optmatch (1)
optparse (34)
OrderedList (0)
ordinal (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (2)
org.Mm.eg.db (1)
org.Rn.eg.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
OrganismDbi (1)
orientlib (1)
osmdata (19)
osqp (1)
overlapping (1)

P

PAA (0)
packrat (11)
padr (1)
pagedown (1)
pak (1)
paletteer (1)
palmerpenguins (1)
pamr (1)
pander (1)
paradox (1)
parallelly (36)
parameters (1)
ParamHelpers (1)
parathyroid (2)
parathyroidSE (205)
parsedate (1)
parsnip (5)
partitions (1)
party (1)
partykit (1)
pasilla (840)
pasillaBamSubset (265)
PasillaTranscriptExpr (36)
patchwork (6)
pathifier (0)
PathNetData (34)
pathprintGEOData (1)
paws (4)
paws.analytics (4)
paws.application.integration (4)
paws.common (5)
paws.compute (4)
paws.cost.management (4)
paws.customer.engagement (4)
paws.database (4)
paws.developer.tools (3)
paws.end.user.computing (3)
paws.machine.learning (4)
paws.management (4)
paws.networking (4)
paws.security.identity (4)
paws.storage (4)
pbapply (5)
PBIR (1)
pbivnorm (1)
pbkrest (1)
pbkrtest (42)
pbmcapply (1)
pcaExplorer (1)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (3)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (3)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (1)
pcaMethods (1)
pcaPP (4)
PCHiCdata (42)
pcxnData (33)
pd.atdschip.tiling (14)
pdftools (1)
pdist (1)
pec (1)
pegas (1)
pepDat (28)
PepsNMRData (46)
Peptides (1)
performance (1)
PerformanceAnalytics (1)
perm (4)
permimp (1)
permute (1)
PFAM.db (1)
PFIM (1)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phangorn (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
pheatmap (1)
philentropy (1)
PhosR (1)
phyclust (1)
PhyloProfileData (12)
phyloseq (1)
phytools (1)
picante (1)
pillar (82)
pingr (1)
pins (11)
pkgbuild (38)
pkgcache (1)
pkgconfig (2)
pkgdepends (1)
pkgdown (4)
pkgKitten (1)
pkgload (38)
pkgmaker (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
plantecophys (1)
plasFIA (14)
plier (0)
plm (1)
plogr (1)
plot3D (1)
plotgardener (1)
plotgardenerData (56)
plotly (8)
plotmo (1)
plotrix (1)
pls (1)
plumber (1)
plyr (10)
pmforest (1)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (6)
pointblank (1)
polspline (1)
polyclip (5)
polyester (1)
polynom (2)
PolynomF (1)
polysat (1)
pool (1)
poolfstat (1)
poorman (1)
poppr (1)
posterior (5)
poweRlaw (3)
ppiData (9)
pracma (4)
praise (1)
prebsdata (26)
PreciseSums (1)
preciseTADhub (12)
precommit (1)
PREDAsampledata (46)
preprocessCore (1)
presto (1)
prettydoc (1)
prettyunits (9)
prismatic (1)
pROC (10)
processCore (1)
processx (82)
ProData (16)
prodlim (31)
proffer (1)
profile (1)
profileModel (1)
profvis (8)
progress (1)
progressr (5)
PROJ (1)
proj (1)
proj4 (1)
projpred (1)
pRolocdata (185)
promises (35)
prostateCancerCamcap (15)
prostateCancerGrasso (13)
prostateCancerStockholm (13)
prostateCancerTaylor (13)
prostateCancerVarambally (12)
ProtGenerics (1)
protolite (1)
protr (2)
proxy (1)
PRROC (3)
pryr (4)
ps (95)
PSCBS (4)
pscl (1)
PsNR (1)
pspline (1)
psych (30)
ptairData (26)
PtH2O2lipids (28)
Publish (1)
pumadata (22)
PureCN (1)
purrr (44)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (24)
PWMEnrich.Hsapiens.background (27)
PWMEnrich.Mmusculus.background (21)
pwr (1)
pwrEWAS.data (38)

Q

qap (3)
qcNvs (1)
QDNAseq.hg19 (110)
QDNAseq.mm10 (50)
qlcMatrix (2)
qpcR (1)
qpdf (1)
qPLEXdata (29)
qqconf (1)
qqplotr (1)
qrnn (1)
qs (1)
qtl (1)
qtl2 (1)
quadprog (1)
quantmod (1)
quantreg (31)
quantsmooth (1)
quarto (1)
QUBICdata (51)
questionr (1)
qvalue (1)
qvcalc (1)

R

R.cache (1)
R.devices (4)
R.filesets (4)
R.huge (3)
R.methodsS3 (2)
R.oo (2)
R.rsp (1)
R.utils (7)
r2d3 (1)
R6 (38)
ragg (5)
rainbow (3)
RamiGO (0)
randomcoloR (3)
RandomFields (1)
RandomFieldsUtils (1)
randomForest (1)
randomForestSRC (1)
randtoolbox (1)
ranger (1)
RankProd (0)
RANN (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
RApiSerialize (1)
rappdirs (2)
rapportools (1)
rARPACK (3)
raster (30)
RAthena (4)
RBesT (1)
RBGL (1)
rbibutils (1)
rcartocolor (1)
rcdk (4)
rcdklibs (4)
rcellminerData (59)
Rcgmin (1)
Rchoice (1)
RCircos (1)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (47)
RClickhouse (1)
rclipboard (1)
rcmdcheck (33)
RColorBrewer (4)
Rcpp (27)
RcppAnnoy (8)
RcppArmadillo (42)
RcppCCTZ (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (7)
RcppGSL (1)
RcppHNSW (4)
RcppML (1)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (6)
RcppProgress (1)
RcppTOML (4)
RcppZiggurat (4)
Rcsdp (1)
RCurl (11)
Rd2roxygen (1)
RDAVIDWebService (0)
Rdpack (1)
Rdsdp (1)
reactable (1)
reactlog (1)
reactome.db (1)
ReactomeGSA (1)
ReactomeGSA.data (73)
readODS (1)
readr (35)
readxl (7)
recipes (24)
recosystem (6)
reda (1)
RefManageR (1)
registry (1)
RegParallel (63)
reldist (2)
rematch (1)
rematch2 (1)
remotes (33)
rentrez (1)
renv (56)
ReportingTools (1)
repr (1)
reprex (6)
repurrrsive (1)
reshape (1)
reshape2 (3)
restfulr (3)
restfulSEData (27)
reticulate (7)
revealgenomics (1)
review (1)
rex (34)
Rfast (4)
rfcdmin (1)
RFOC (1)
RforProteomics (123)
RGCCA (1)
rgeos (4)
rgl (1)
Rglpk (1)
RGMQLlib (24)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rhdf5filters (1)
Rhdf5lib (2)
rheumaticConditionWOLLBOLD (14)
rhino (1)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (1)
rhub (1)
RIdeogram (1)
rintrojs (1)
rio (1)
RIPSeekerData (5)
riskRegression (1)
RITANdata (33)
ritis (1)
RItools (1)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (1)
rJava (1)
rjson (9)
RJSONIO (4)
rlang (47)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
RLHub (41)
rly (1)
RMariaDB (1)
rmarkdown (56)
RMassBankData (29)
rmdformats (1)
rmio (1)
Rmisc (1)
Rmpfr (4)
Rmpi (1)
rms (1)
rmutil (1)
RMySQL (1)
RNAinteractMAPK (18)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (48)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (303)
RNASeqDataSubset (1)
RNASeqPower (1)
RNASeqRData (20)
RnaSeqSampleSizeData (75)
RnaSeqTutorial (2)
rnaturalearth (1)
RnBeads (1)
RnBeads.hg19 (111)
RnBeads.hg38 (86)
RnBeads.mm10 (69)
rnbeads.mm10 (1)
RnBeads.mm9 (61)
RnBeads.rn5 (13)
rncl (1)
rngtools (1)
rngWELL (1)
robust (1)
robustbase (3)
RobustRankAggreg (1)
ROC (0)
ROCR (1)
RODBC (1)
ROI (1)
rols (1)
Rook (1)
rootSolve (1)
roptim (1)
rotl (1)
roxygen2 (37)
rpact (1)
rpart (34)
rpart.plot (1)
RPMG (1)
RPostgres (4)
RPostgreSQL (1)
rprojroot (35)
RPushbullet (1)
Rqc (0)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
RRBSdata (12)
rrcov (4)
rRDPData (26)
rredlist (1)
rsample (5)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
rsconnect (33)
RSEIS (1)
RSiena (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (1)
Rsmlx.2 (1)
RSNNS (1)
Rsolnp (4)
RSpectra (5)
RSQLite (41)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (1)
rstan (4)
rstanarm (1)
rstantools (2)
rstatix (5)
rstpm2 (1)
rstudioapi (39)
Rsubread (1)
rsvd (4)
rsvg (1)
rtables (1)
RTCGA.clinical (302)
RTCGA.CNV (58)
RTCGA.methylation (61)
RTCGA.miRNASeq (93)
RTCGA.mRNA (155)
RTCGA.mutations (84)
RTCGA.PANCAN12 (43)
RTCGA.rnaseq (144)
RTCGA.RPPA (54)
RTCGAToolbox (0)
rticles (1)
rtkore (1)
rtracklayer (1)
Rtsne (1)
Rttf2pt1 (1)
RUnit (1)
runonce (1)
Runuran (1)
ruv (1)
RUVnormalizeData (38)
RUVseq (1)
rvcheck (1)
RVenn (1)
rversions (37)
rvest (7)
rvg (1)
Rvmmin (1)
Rwave (1)
RWiener (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
rzmq (1)

S

s2 (20)
S4Vectors (4)
saemix (1)
safetyexploreR (1)
sampleClassifierData (24)
samr (3)
sandwich (1)
sas7bdat (1)
sass (38)
SBGNview.data (81)
SC3 (1)
ScaledMatrix (1)
scales (10)
scam (1)
scanMiRData (25)
scATAC.Explorer (16)
SCATE (0)
SCATEData (36)
scater (1)
scattermore (4)
scatterpie (2)
scatterplot3d (30)
scClassify (1)
sccs (1)
scDblFinder (1)
scDC (1)
scHOT (1)
scico (1)
scidb (1)
scistreer (1)
SCLCBam (32)
scLinear (1)
scMerge (1)
scMultiome (3)
scpdata (28)
scPipe (1)
scran (1)
scrime (3)
scRNAseq (1453)
scRNASeq.spatial (1)
scrypt (1)
scs (1)
scTHI.data (27)
sctransform (7)
scuttle (5)
SDMTools (1)
segmented (1)
selectr (1)
sendmailR (1)
sensitivity (1)
sensobol (1)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (35)
SeqArray (1)
seqc (19)
seqCNA.annot (36)
seqinr (1)
seqLogo (0)
seqminer (4)
SeqVarTools (1)
seriation (6)
serumStimulation (11)
servr (1)
sesameData (464)
sessioninfo (33)
sets (1)
Seurat (9)
SeuratObject (7)
seventyGeneData (15)
sf (31)
SFEData (60)
sfsmisc (1)
shadowtext (1)
shape (1)
shapes (1)
shapr (1)
shiny (17)
shiny.react (1)
shiny.router (1)
shinyalert (1)
shinyBS (5)
shinybusy (1)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (2)
shinydashboardPlus (3)
shinyFeedback (1)
shinyfeedback (1)
shinyFiles (5)
shinyglide (1)
shinyhelper (3)
ShinyItemAnalysis (10)
shinyjqui (1)
shinyjs (2)
shinymanager (1)
shinyMethylData (27)
shinyMobile (1)
shinypanel (3)
shinySelect (1)
shinystan (1)
shinytest (2)
shinytest2 (1)
shinythemes (1)
shinyWidgets (6)
ShortRead (1)
showtext (1)
sigaR (1)
Sigfried (1)
siggenes (1)
Signac (4)
signatureSearchData (65)
sigPathway (0)
SimBenchData (19)
simpar (1)
simpIntLists (58)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (13)
SingleCelLExperiment (1)
SingleCellExperiment (5)
SingleCellMultiModal (53)
singleCellTK (1)
SingleMoleculeFootprintingData (26)
SingleR (1)
sitmo (4)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (4)
skimr (1)
slackr (1)
slam (1)
slickR (1)
slider (4)
sm (1)
sme (1)
smfishHmrf (1)
smldesign (1)
smoothHR (1)
SMVar (4)
sn (5)
sna (1)
SNAData (14)
snadata (0)
SNAGEEdata (40)
snakecase (1)
snow (3)
SnowballC (1)
snowfall (1)
SNPhoodData (21)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (1)
SNPRelate (1)
snpStats (0)
soilDB (1)
solrium (1)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (56)
sortable (1)
sourcetools (13)
sp (6)
spacetime (1)
spade (0)
spam (1)
spaMM (1)
sparklyr (5)
SPARQL (1)
SparseM (1)
sparseMatrixStats (1)
sparsesvd (6)
spatial (2)
spatialDmelxsim (13)
spatialLIBD (134)
spatialreg (1)
spatstat (1)
spatstat.core (4)
spatstat.data (4)
spatstat.explore (1)
spatstat.geom (4)
spatstat.random (4)
spatstat.sparse (4)
spatstat.utils (4)
spData (1)
spdep (1)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (1)
SPIA (1)
SpikeIn (32)
SpikeInSubset (108)
splancs (1)
spliceR (0)
splines2 (1)
spls (1)
spqnData (28)
SQUAREM (1)
ssh (1)
SSPA (1)
stabledist (1)
stabs (1)
StanHeaders (1)
statmod (1)
statnet.common (1)
stemHypoxia (38)
STexampleData (73)
sticky (1)
stjudem (30)
storr (1)
strex (1)
stringdist (4)
stringfish (1)
stringi (15)
stringr (20)
strucchange (1)
styler (4)
subselect (1)
SummarizedExperiment (1)
sunburstR (1)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supraHex (0)
survcomp (1)
survey (1)
survival (44)
survivalROC (1)
survminer (1)
survMisc (1)
susieR (6)
sva (1)
svd (1)
svglite (5)
SVM2CRMdata (12)
svMisc (1)
svUnit (1)
Swiffer (1)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
synapterdata (22)
sys (43)
systemfit (1)
systemfonts (1)
systemPipeRdata (199)

T

table1 (1)
tables (1)
TabulaMurisData (55)
TabulaMurisSenisData (62)
tarchetypes (1)
targets (2)
TargetScoreData (35)
TargetSearchData (45)
tartare (39)
taxize (1)
TBX20BamSubset (43)
TCC (1)
TCGAbiolinksGUI.data (2558)
TCGAcrcmiRNA (12)
TCGAcrcmRNA (13)
TCGAMethylation450k (38)
tcgaWGBSData.hg19 (2)
TCGAWorkflowData (80)
TeachingDemos (1)
templater (1)
tensorA (1)
tensorflow (4)
TENxBrainData (80)
TENxBUSData (32)
TENxPBMCData (427)
TENxVisiumData (67)
terra (30)
testthat (84)
textshaping (1)
tfautograph (1)
TFBSTools (0)
TFMPvalue (3)
tfrmt (1)
tfruns (4)
tgp (1)
TH.data (2)
threejs (1)
tibble (80)
tictoc (1)
tidybayes (1)
tidygraph (2)
tidymodels (1)
tidyposterior (1)
tidyr (19)
tidyselect (9)
tidytree (5)
tidyverse (5)
tidyvpc (1)
tikzDevice (1)
timechange (1)
timecoursedata (40)
timeDate (5)
timereg (1)
TimerQuant (11)
timeSeries (1)
tinesath1cdf (13)
tinesath1probe (10)
tinytest (1)
tinytex (43)
tissueTreg (30)
TitanCNA (0)
tkWidgets (1)
TMB (1)
TMExplorer (26)
tmvnsim (1)
tofsimsData (13)
topdownrdata (28)
topGO (0)
torch (1)
Tplyr (1)
tracee (1)
tradeSeq (1)
TrajectoryUtils (1)
transformr (1)
tree (1)
treeio (5)
treemap (1)
TreeSummarizedExperiment (1)
Trendy (0)
triebeard (1)
trimcluster (1)
truncdist (1)
truncnorm (4)
tseries (1)
tsne (1)
TSP (7)
TSSi (0)
ttdo (1)
tuberculosis (12)
tune (4)
tweeDEseqCountData (106)
tweenr (2)
twilight (0)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (1)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
tximeta (1)
tximport (1)
tximportData (720)
txtq (1)
tzdb (12)

U

uatools (1)
UCell (1)
ucminf (1)
umap (4)
units (19)
urca (1)
urltools (1)
usethis (33)
utf8 (40)
uuid (2)
uwot (8)

V

V8 (1)
VAM (1)
vaplot (1)
variancePartition (1)
VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (14)
vars (1)
vaultr (1)
vcd (1)
vcr (1)
vctrs (59)
vdiffr (1)
VectraPolarisData (17)
vegan (1)
vegawidget (1)
venn (4)
VennDiagram (1)
VGAM (2)
vhydeg (1)
vioplot (1)
viridis (18)
viridisLite (27)
viridislite (1)
visdat (1)
visNetwork (1)
vpc (1)
vroom (21)
vsn (1)
vulcandata (22)

W

waiter (3)
waldo (26)
warp (1)
wateRmelon (0)
waveTilingData (1)
weaver (0)
webdriver (1)
WeberDivechaLCdata (16)
webfakes (1)
webmockr (1)
webshot (7)
WeightIt (1)
weights (1)
WES.1KG.WUGSC (37)
WGCNA (2)
WGSmapp (30)
whereami (1)
whisker (43)
widgetTools (1)
WikidataR (1)
wikitaxa (1)
withr (24)
wk (34)
workflows (4)
workflowsets (1)
worrms (1)
Wrench (1)
writexl (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xcms (1)
xcoredata (25)
xfun (93)
xgboost (3)
xgxr (1)
XhybCasneuf (11)
XLConnect (1)
xlsxjars (1)
XML (10)
xml2 (55)
xmlparsedata (1)
xopen (1)
xpose (1)
xslt (1)
xtable (1)
xts (1)
XVector (1)

Y

yaImpute (1)
yaml (50)
yardstick (4)
yeastCC (48)
yeastExpData (66)
yeastGSData (10)
yeastNagalakshmi (57)
yeastRNASeq (60)
ymlthis (1)
yri1kgv (2)
yriMulti (1)
yulab.utils (5)

Z

zCompositions (4)
zeallot (1)
zebrafishRNASeq (146)
zip (49)
Ziploc (1)
zlibbioc (1)
zoo (6)