See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2022-12-02 01:30:17 -0500 (Fri, 02 Dec 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2820)
2TCGAbiolinksGUI.data (2314)
3HSMMSingleCell (1929)
4celldex (1587)
5airway (1511)
6geneLenDataBase (1300)
7scRNAseq (1164)
8pasilla (761)
9tximportData (632)
10ChAMPdata (505)
11Illumina450ProbeVariants.db (452)
12msdata (432)
13GSVAdata (430)
14bladderbatch (408)
15TENxPBMCData (367)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (18)
adductData (32)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (20)
affycoretools (0)
affydata (257)
Affyhgu133A2Expr (21)
Affyhgu133aExpr (25)
Affyhgu133Plus2Expr (32)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (65)
Affymoe4302Expr (22)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1511)
ALL (2820)
all (0)
allenpvc (1)
ALLMLL (75)
alpineData (25)
AmpAffyExample (19)
AneuFinderData (56)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (31)
aracne.networks (48)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (33)
AshkenazimSonChr21 (13)
ASICSdata (22)
AssessORFData (20)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (348)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (39)
BeadArrayUseCases (23)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (14)
benchmarkfdrData2019 (15)
BentoBoxData (0)
beta7 (15)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (13)
biomaRt (0)
BioPlex (6)
Biostrings (0)
biotmleData (21)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (38)
bladderbatch (408)
blimaTestingData (21)
BloodCancerMultiOmics2017 (33)
bodymapRat (24)
brainImageRdata (6)
breakpointRdata (35)
breastCancerMAINZ (59)
breastCancerNKI (62)
breastCancerTRANSBIG (45)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (39)
breastCancerUPP (43)
breastCancerVDX (87)
brgedata (30)
bronchialIL13 (12)
BSgenome (0)
bsseqData (49)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (22)
CardinalWorkflows (28)
Category (0)
ccdata (50)
CCl4 (45)
ccTutorial (14)
celarefData (20)
celldex (1587)
CellMapperData (18)
ceu1kg (1)
ceu1kgv (1)
ceuhm3 (1)
cgdv17 (2)
cghMCR (0)
ChAMPdata (505)
charmData (1)
cheung2010 (0)
ChIC.data (36)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (15)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (76)
ChIPexoQualExample (19)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (26)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (30)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (55)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (217)
CLLmethylation (15)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (27)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (21)
CMA (0)
cMap2data (33)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (16)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (36)
colonCA (22)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (16)
ConnectivityMap (19)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (41)
CopyhelpeR (50)
CopyNeutralIMA (18)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (36)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (10)
CRImage (0)
crisprScoreData (42)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (15)
curatedAdipoChIP (16)
curatedAdipoRNA (15)
curatedBladderData (22)
curatedBreastData (27)
curatedCRCData (18)
curatedMetagenomicData (197)
curatedOvarianData (43)
curatedTBData (13)
curatedTCGAData (188)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (80)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (13)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (230)
derfinderData (33)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (14)
destiny (0)
DExMAdata (26)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (19)
diggit (0)
diggitdata (19)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (76)
DmelSGI (15)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (183)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (12)
DOQTL (0)
dorothea (308)
DREAM4 (15)
dressCheck (11)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (103)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (32)
dsQTL (2)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (47)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (17)
DynDoc (0)

E

easierData (43)
EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (12)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (23)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (140)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (201)
EMDomics (0)
emtdata (25)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (0)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
EpiMix.data (5)
epimutacionsData (19)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (77)
etec16s (16)
eudysbiome (0)
ewceData (82)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (196)
fabia (0)
fabiaData (12)
facopy.annot (1)
facsDorit (2)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (19)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (17)
FGNet (0)
fibroEset (39)
FieldEffectCrc (16)
FindMyFriends (0)
FIs (43)
FISHalyseR (0)
fission (222)
flagme (0)
Fletcher2013a (29)
Fletcher2013b (27)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (1)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (20)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (1)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (219)
FlowSorted.Blood.EPIC (122)
FlowSorted.CordBlood.450k (29)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (40)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (18)
FlowSorted.DLPFC.450k (23)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (95)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (19)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (1)
furrowSeg (13)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (265)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (11)
gatingMLData (19)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (41)
gdsfmt (0)
geecc (0)
gemma.R (1)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (1300)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (44)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (32)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (29)
geuvPack (2)
geuvStore (0)
geuvStore2 (2)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (2)
ggtut (0)
GIGSEAdata (12)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (215)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (15)
graph (0)
graphite (0)
grndata (31)
GSBenchMark (16)
GSE103322 (23)
GSE13015 (23)
GSE159526 (11)
GSE62944 (36)
GSEABase (0)
gskb (5)
GSVAdata (430)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (48)
GWASTools (0)

H

h5vcData (66)
hapmap100khind (12)
hapmap100kxba (25)
hapmap500knsp (12)
hapmap500ksty (11)
hapmapsnp5 (19)
hapmapsnp6 (26)
harbChIP (17)
HarmanData (22)
HarmonizedTCGAData (18)
HCAData (54)
HD2013SGI (19)
HDCytoData (134)
healthyControlsPresenceChecker (7)
healthyFlowData (17)
HEEBOdata (14)
HelloRangesData (28)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (10)
hgu133plus2CellScore (16)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (10)
HiCDataHumanIMR90 (21)
HiCDataLymphoblast (16)
HiContactsData (7)
HighlyReplicatedRNASeq (12)
Hiiragi2013 (88)
HIVcDNAvantWout03 (10)
HMP16SData (42)
HMP2Data (22)
hmyriB36 (1)
HSMMSingleCell (1929)
HumanAffyData (20)
humanStemCell (64)

I

IHW (0)
IHWpaper (15)
Illumina450ProbeVariants.db (452)
IlluminaDataTestFiles (46)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (26)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (0)
IRanges (0)
ITALICSData (31)
Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (38)
JASPAR2016 (99)
JctSeqData (2)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (35)
KEGGdzPathwaysGEO (161)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (15)
KOdata (34)

L

leeBamViews (42)
leukemiasEset (97)
LiebermanAidenHiC2009 (13)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (12)
LRcellTypeMarkers (19)
lumi (0)
lumiBarnes (33)
LungCancerACvsSCCGEO (27)
LungCancerLines (22)
lungExpression (33)
lydata (23)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (38)
macrophage (127)
MACSdata (16)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (14)
mAPKLData (17)
maqcExpression4plex (27)
MAQCsubset (16)
MAQCsubsetAFX (2)
MAQCsubsetILM (10)
marray (0)
mCSEAdata (41)
mcsurvdata (16)
MEALData (0)
MEDIPSData (29)
MEEBOdata (15)
MerfishData (3)
Metab (0)
MetaGxBreast (25)
MetaGxOvarian (21)
MetaGxPancreas (22)
metaMS (0)
metaMSdata (34)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (19)
methylclockData (64)
MethylMix (0)
MethylSeqData (15)
methylumi (0)
methyvimData (1)
Mfuzz (0)
MicrobiomeBenchmarkData (2)
microbiomeDataSets (64)
microRNAome (15)
MIGSAdata (18)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (303)
minfiDataEPIC (58)
minionSummaryData (27)
miRcompData (27)
miRNATarget (17)
mitoODEdata (1)
MMAPPR2data (22)
MMDiffBamSubset (16)
MOFAdata (63)
mosaicsExample (58)
mouse4302barcodevecs (9)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (108)
MouseThymusAgeing (43)
MSBdata (0)
msd16s (20)
msdata (432)
msigdb (188)
MSMB (58)
MSnbase (0)
msPurityData (37)
msqc1 (12)
MSstatsBioData (2)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (42)
MTseekerData (1)
MUGAExampleData (11)
Mulder2012 (1)
multtest (0)
muscData (71)
mvoutData (15)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (42)
nanotubes (20)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (12)
NestLink (14)
NetActivityData (4)
netDx.examples (1)
Neve2006 (12)
neve2006 (0)
NGScopyData (33)
NOISeq (0)
nullrangesData (45)
NxtIRFdata (42)

O

ObMiTi (14)
oct4 (12)
octad.db (4)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (30)
OnassisJavaLibs (16)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (25)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (198)
pasilla (761)
pasillaBamSubset (238)
PasillaTranscriptExpr (32)
pathifier (0)
PathNetData (16)
pathprintGEOData (1)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (2)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (2)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (1)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (23)
pcxnData (24)
pd.atdschip.tiling (12)
pepDat (18)
PepsNMRData (22)
PGPC (0)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (11)
phyloseq (0)
plasFIA (16)
plier (0)
plotgardenerData (35)
polyester (0)
ppiData (18)
prebsdata (15)
preciseTADhub (11)
PREDAsampledata (39)
preprocessCore (0)
ProData (15)
pRolocdata (174)
prostateCancerCamcap (14)
prostateCancerGrasso (11)
prostateCancerStockholm (12)
prostateCancerTaylor (11)
prostateCancerVarambally (11)
ProtGenerics (0)
ptairData (18)
PtH2O2lipids (21)
pumadata (16)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (19)
PWMEnrich.Hsapiens.background (23)
PWMEnrich.Mmusculus.background (17)
pwrEWAS.data (39)

Q

QDNAseq.hg19 (75)
QDNAseq.mm10 (38)
qPLEXdata (21)
quantsmooth (0)
QUBICdata (29)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (43)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (35)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (53)
RegParallel (56)
ReportingTools (0)
restfulSEData (20)
rfcdmin (0)
RforProteomics (127)
RGMQLlib (24)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (12)
RIPSeekerData (3)
RITANdata (27)
RLHub (34)
RMassBankData (21)
RNAinteractMAPK (14)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (51)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (255)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (21)
RnaSeqSampleSizeData (65)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (107)
RnBeads.hg38 (87)
RnBeads.mm10 (71)
RnBeads.mm9 (57)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (11)
rRDPData (18)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (261)
RTCGA.CNV (37)
RTCGA.methylation (42)
RTCGA.miRNASeq (78)
RTCGA.mRNA (146)
RTCGA.mutations (66)
RTCGA.PANCAN12 (37)
RTCGA.rnaseq (124)
RTCGA.RPPA (36)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (33)

S

S4Vectors (0)
sampleClassifierData (15)
SBGNview.data (60)
scanMiRData (22)
scATAC.Explorer (12)
SCATE (0)
SCATEData (27)
SCLCBam (22)
scpdata (24)
scRNAseq (1164)
scTHI.data (17)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (30)
seqc (18)
seqCNA.annot (34)
seqLogo (0)
serumStimulation (10)
sesameData (348)
seventyGeneData (14)
SFEData (16)
shinyMethylData (20)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (58)
sigPathway (0)
SimBenchData (18)
simpIntLists (36)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SingleCellMultiModal (47)
SingleMoleculeFootprintingData (17)
SNAData (18)
snadata (0)
SNAGEEdata (25)
SNPhoodData (14)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (9)
SomaticCancerAlterations (46)
spade (0)
spatialDmelxsim (12)
spatialLIBD (101)
SPIA (0)
SpikeIn (27)
SpikeInSubset (71)
spliceR (0)
spqnData (18)
stemHypoxia (42)
STexampleData (49)
stjudem (15)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (10)
synapterdata (16)
systemPipeRdata (177)

T

TabulaMurisData (34)
TabulaMurisSenisData (49)
TargetScoreData (16)
TargetSearchData (21)
tartare (27)
TBX20BamSubset (36)
TCGAbiolinksGUI.data (2314)
TCGAcrcmiRNA (11)
TCGAcrcmRNA (12)
TCGAMethylation450k (32)
tcgaWGBSData.hg19 (6)
TCGAWorkflowData (96)
TENxBrainData (72)
TENxBUSData (25)
TENxPBMCData (367)
TENxVisiumData (63)
TFBSTools (0)
timecoursedata (28)
TimerQuant (11)
tinesath1cdf (11)
tinesath1probe (10)
tissueTreg (27)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (20)
tofsimsData (16)
topdownrdata (19)
topGO (0)
Trendy (0)
TSSi (0)
tuberculosis (10)
tweeDEseqCountData (91)
twilight (0)
tximportData (632)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (12)
VectraPolarisData (11)
vsn (0)
vulcandata (16)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (1)
weaver (0)
WeberDivechaLCdata (2)
WES.1KG.WUGSC (32)
WGSmapp (22)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
xcoredata (13)
XhybCasneuf (11)
XVector (0)

Y

yeastCC (39)
yeastExpData (55)
yeastGSData (9)
yeastNagalakshmi (36)
yeastRNASeq (47)
yri1kgv (2)
yriMulti (1)

Z

zebrafishRNASeq (121)
zlibbioc (0)