### R code from vignette source 'vignette.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: vignette.Rnw:62-63
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library(OncoScore)


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### code chunk number 3: vignette.Rnw:70-71 (eval = FALSE)
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## query = perform.query(c("ASXL1","IDH1","IDH2","SETBP1","TET2"))


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### code chunk number 4: vignette.Rnw:90-91
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data(query)


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### code chunk number 5: vignette.Rnw:98-100 (eval = FALSE)
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## chr13 = get.genes.from.biomart(chromosome=13,start=54700000,end=72800000)
## head(chr13)


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### code chunk number 6: vignette.Rnw:110-111 (eval = FALSE)
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## result = compute.oncoscore.from.region(10, 100000, 500000)


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### code chunk number 7: vignette.Rnw:146-147
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result = compute.oncoscore(query)


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### code chunk number 8: vignette.Rnw:154-156 (eval = FALSE)
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## query.timepoints = perform.query.timeseries(c("ASXL1","IDH1","IDH2","SETBP1","TET2"),
##     c("2012/03/01", "2013/03/01", "2014/03/01", "2015/03/01", "2016/03/01"))


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### code chunk number 9: vignette.Rnw:226-227
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data(query.timepoints)


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### code chunk number 10: vignette.Rnw:233-234
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result.timeseries = compute.oncoscore.timeseries(query.timepoints)


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### code chunk number 11: figresult
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plot.oncoscore(result, col = 'darkblue')


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### code chunk number 12: figresultts
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plot.oncoscore.timeseries(result.timeseries)


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### code chunk number 13: figresulttsinc
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plot.oncoscore.timeseries(result.timeseries, 
    incremental = TRUE, 
    ylab='absolute varietion')


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### code chunk number 14: figresulttsincrel
###################################################
plot.oncoscore.timeseries(result.timeseries,
    incremental = TRUE,
    relative = TRUE,
    ylab='relative varietion')