### R code from vignette source 'DASiR.Rnw'

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### code chunk number 1: library
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library(DASiR)
?DASiR


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### code chunk number 2: setget
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setDasServer(server="http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/das")
getDasServer()


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### code chunk number 3: sources
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# sources <- getDasSource()  # This will fail for UCSC (but not for ENSEMBL)
sources <- getDasDsn()  # This will fail for ENSEMBL (but not for UCSC)
head(sources)


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### code chunk number 4: entries
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source <- "sacCer3"
entries <- getDasEntries(source, as.GRanges=TRUE)
head(entries)


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### code chunk number 5: types
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types <- getDasTypes(source)
head(types)


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### code chunk number 6: getDasFeature
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ranges <- entries[c(1,2)]
types <- c("sgdGene","mrna")

features <- getDasFeature(source, ranges, types)
head(features)


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### code chunk number 7: getDasSequence
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# Now we will retrieve sequences from VEGA server
setDasServer("http://vega.sanger.ac.uk/das")
source <- "Homo_sapiens.VEGA51.reference"
ranges <- GRanges(c("1","2"), IRanges(start=10e6, width=1000))

# Returning character vector, we only ask 50 first bases in the range
sequences <- getDasSequence(source, resize(ranges, fix="start", 50))

print(sequences)


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### code chunk number 8: getDasSequence2
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# Now we specify we want a AAStringSet (Biostring class for AminoAcids strings)
# and query for the whole sequence length
sequences <- getDasSequence(source, ranges, class="AAStringSet")
print(sequences)


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### code chunk number 9: getDasStructure
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setDasServer(server="http://das.cathdb.info/das")

source="cath_pdb"
query="1hck"  # PDB code

structure=getDasStructure(source, query)

head(structure)


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### code chunk number 10: getPlotFeature
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# Let's retrieve some genes from UCSC Genome Browser DAS Server now
setDasServer(server="http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/das")

# Official yeast genes and other annotated features in the range I:22k-30k
source <- "sacCer3"  # Saccharomices Cerevisiae
range <- GRanges(c("I"), IRanges(start=22000, end=30000))
type <- c("sgdGene", "sgdOther")  # This is also the name of the UCSC tracks
	
features <- getDasFeature(source, range, type)
# Only the main columns
head(features[, c("id", "label", "type", "start", "end")])

plotFeatures(features, box.height=10, box.sep=15, pos.label="top", xlim=c(22000,30000))


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### code chunk number 11: plotFeature
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par(mar=c(6,3,0,3), cex=0.75)
plotFeatures(features, box.height=10, box.sep=15, pos.label="top", xlim=c(22000,30000))


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### code chunk number 12: plotFeature
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par(mar=c(6,3,0,3), cex=0.75)
plotFeatures(features, box.height=10, box.sep=15, pos.label="top", xlim=c(22000,30000))