### R code from vignette source 'Prostar_UserManual.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: installProstaRBiocond (eval = FALSE)
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## source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("Prostar")


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### code chunk number 3: runProstarStandalone (eval = FALSE)
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## library(Prostar)
## Prostar()


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### code chunk number 4: installDAPARBiocond (eval = FALSE)
###################################################
## source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("DAPAR")


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### code chunk number 5: sessionLog (eval = FALSE)
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## getProcessingInfo(obj)


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### code chunk number 6: diffAnalysis (eval = FALSE)
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## res <- diffAnaLimma(imputed_dataset, condition1, condition2)
## obj <- diffAnaSave(imputed_dataset, res, "limma", condition1, condition2)


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### code chunk number 7: installDAPARBiocondJAVAHOME (eval = FALSE)
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## Sys.setenv("JAVA_HOME", "")


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### code chunk number 8: sessioninfo
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toLatex(sessionInfo())