### R code from vignette source 'vignettes/clusterProfiler/inst/doc/clusterProfiler.Rnw'

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### code chunk number 1: clusterProfiler.Rnw:64-71
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library(DOSE)
library(GO.db)
library(org.Hs.eg.db)
library(pathview)
library(clusterProfiler)
library(knitr)
opts_chunk$set(tidy=TRUE,tidy.opts=list(keep.blank.line=FALSE, width.cutoff=50),out.truncate=80,out.lines=6,cache=TRUE,dev='pdf',include=TRUE,fig.width=6,fig.height=6,resolution=150)


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### code chunk number 2: options
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options(digits=3, width=80, prompt=" ", continue=" ")


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### code chunk number 3: groupGO
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require(DOSE)
data(geneList)
gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]
head(gene)
ggo <- groupGO(gene=gene, organism="human",
				ont="BP", level=3, readable=TRUE)
head(summary(ggo))


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### code chunk number 4: enrichGO
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ego <- enrichGO(gene=gene,
                universe = names(geneList),
                organism="human",
                ont="CC",
                pvalueCutoff=0.01,
                readable=TRUE)
head(summary(ego))


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### code chunk number 5: gseGO
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ego2 <- gseGO(geneList=geneList,
              organism="human",
              ont="CC",
              nPerm=100,
              minGSSize=120,
              pvalueCutoff=0.01,
              verbose=FALSE)
head(summary(ego2))


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### code chunk number 6: enrichKEGG
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kk <- enrichKEGG(gene=gene,
                 organism="human",
                 pvalueCutoff=0.01, 
                 readable=TRUE)
head(summary(kk))


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### code chunk number 7: gseKEGG
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kk2 <- gseKEGG(geneList=geneList,
               organism="human",
               nPerm=100,
               minGSSize=120,
               pvalueCutoff=0.01,
               verbose=FALSE)
head(summary(kk2))


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### code chunk number 8: barplot
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barplot(ggo, drop=TRUE, showCategory=12)


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### code chunk number 9: barplot-enrich
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barplot(ego, showCategory=8)


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### code chunk number 10: enrichMap
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enrichMap(ego)


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### code chunk number 11: enrichMap2
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enrichMap(ego2)


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### code chunk number 12: cnetplot
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cnetplot(ego, categorySize="pvalue", foldChange=geneList)


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### code chunk number 13: cnetplot-KEGG
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cnetplot(kk, categorySize="geneNum", foldChange=geneList)


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### code chunk number 14: gseaplot
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gseaplot(kk2, geneSetID = "hsa04145")


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### code chunk number 15: viewKEGG
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require(pathview)
hsa04110 <- pathview(gene.data=geneList, pathway.id="hsa04110", species="hsa", limit=list(gene=max(abs(geneList)), cpd=1))


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### code chunk number 16: compareCluster
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data(gcSample)
ck <- compareCluster(geneCluster=gcSample, fun="enrichKEGG")
plot(ck)