###################################################
### chunk number 1: options
###################################################
options(width=60)


###################################################
### chunk number 2: loadSnpCallSet
###################################################
library(SNPchip)
data(crlmmOut)
class(crlmmOut)


###################################################
### chunk number 3: assayData
###################################################
annotation(crlmmOut)
ls(assayData(crlmmOut))
callset <- crlmmOut


###################################################
### chunk number 4:  eval=FALSE
###################################################
## library("oligo")
## library("hapmap100kxba")
## pathCelFiles <- system.file("celFiles", package="hapmap100kxba")
## fullFilenames <- list.celfiles(path=pathCelFiles, full.names=TRUE)
## aboutSamples <- data.frame(gender=c("female", "female", "male"))
## rownames(aboutSamples) <- basename(fullFilenames)
## aboutVars <- data.frame(labelDescription="male/female")
## rownames(aboutVars) <- "gender"
## pd <- new("AnnotatedDataFrame",
##           data=aboutSamples,
##           varMetadata=aboutVars)
## xba <- justCRLMM(fullFilenames, phenoData=pd, verbose=FALSE)
## 
## library("hapmap100khind")
## pathCelFiles <- system.file("celFiles", package="hapmap100khind")
## fullFilenames <- list.celfiles(path=pathCelFiles, full.names=TRUE)
## aboutSamples <- data.frame(gender=c("female", "female", "male"))
## rownames(aboutSamples) <- basename(fullFilenames)
## aboutVars <- data.frame(labelDescription="male/female")
## rownames(aboutVars) <- "gender"
## pd <- new("AnnotatedDataFrame",
##           data=aboutSamples,
##           varMetadata=aboutVars)
## hind <- justCRLMM(fullFilenames, phenoData=pd, verbose=FALSE)


###################################################
### chunk number 5:  eval=FALSE
###################################################
## callset <- combine(xba, hind)


###################################################
### chunk number 6: sessionInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())