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### chunk number 1: queryAE
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library("ArrayExpress")
sets = queryAE(keywords = "leukemia", species = "homo+sapiens")


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### chunk number 2: ArrayExpress-raw
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rawset = ArrayExpress("E-MEXP-1422")


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### chunk number 3: ArrayExpress-columnsneeded
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eset = try(ArrayExpress("E-DKFZ-1"))


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### chunk number 4: ArrayExpress-withcolumns
###################################################
eset = ArrayExpress("E-DKFZ-1",
  rawcol=list(R="Software Unknown:Foreground red",
    G="Software Unknown:Foreground green",
    Rb="Software Unknown:Background red" ,
    Gb="Software Unknown:Background green"))


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### chunk number 5: getAE-full
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mexp1422 = getAE("E-MEXP-1422", type = "full")


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### chunk number 6: magetab2bioc-full
###################################################
rawset= magetab2bioc(files = mexp1422)


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### chunk number 7: getcolproc
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cn = getcolproc(mexp1422)
show(cn)


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### chunk number 8: procset
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proset = procset(mexp1422, cn[2])