### R code from vignette source 'vignettes/Mulcom/inst/doc/MulcomVignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Library ################################################### library(Mulcom) ################################################### ### code chunk number 2: LoadDataSet ################################################### data("benchVign") ################################################### ### code chunk number 3: MulcomTest ################################################### Affy$Groups ################################################### ### code chunk number 4: MulcomTest ################################################### mulcomScore <- mulScores(Affy, Affy$Groups) ################################################### ### code chunk number 5: MulcomCalc ################################################### sg <- mulCalc(mulcomScore, m = 0.3, t = 3) sg ################################################### ### code chunk number 6: MulcomPermutation ################################################### permutation <- mulPerm(Affy, Affy$Groups, np = 100, seed=7) #permutationIlmn <- mulPerm(Ilmn, Ilmn$Groups, 5, 7) #load("permutation.rda") #load("permIlmn.rda") ################################################### ### code chunk number 7: FDR ################################################### fsg <- mulFSG(permutation, m = 0.3, t = 3) fsg fdr <- fsg/sg fdr ################################################### ### code chunk number 8: optimization ################################################### optimization <- mulOpt(permutation, vm = seq(0,0.5, 0.1), vt = seq(1,3, 0.1)) ################################################### ### code chunk number 9: ThresholdOptimization ################################################### h1Opt <- mulParOpt(permutation, optimization, ind = 1, th = 0.05) ################################################### ### code chunk number 10: thOpt ################################################### h1Opt ################################################### ### code chunk number 11: ThresholdOptimization ################################################### h1Opt <- mulParOpt(permutation, optimization, ind = 1, th = 0.05) ################################################### ### code chunk number 12: MulComGenes ################################################### ## 1h h1Opt <- mulParOpt(permutation, optimization, ind = 1, th = 0.05) affyMulc1Probes <- mulDiff(Affy, permutation, m = h1Opt[2], t = h1Opt[1], ind = 1) ################################################### ### code chunk number 13: MulComGenes ################################################### ## 6h h6Opt <- mulParOpt(permutation,optimization, ind = 2, th = 0.05) affyMulc6Probes <- mulDiff(Affy, permutation, h6Opt[2], h6Opt[1], 2) ################################################### ### code chunk number 14: MulComGenes1 ################################################### ## 24h h24Opt <- mulParOpt(permutation,optimization, ind = 3, th = 0.1) affyMulc24Probes <- mulDiff(Affy, permutation, h24Opt[2], h24Opt[1], 3) ################################################### ### code chunk number 15: MulComGenes2 ################################################### ## B4 b4Opt <- mulParOpt(permutation,optimization, ind = 4, th = 0.05) affyMulcB4Probes <- mulDiff(Affy, permutation, b4Opt[2], b4Opt[1], 4) ################################################### ### code chunk number 16: MulComGenes3 ################################################### mulcomGeneList <- unique(c(affyMulc1Probes, affyMulc6Probes, affyMulcB4Probes)) ################################################### ### code chunk number 17: mulInt ################################################### intersection <- mulInt(affyMulc1Probes,affyMulc6Probes) ################################################### ### code chunk number 18: permutation and optimization illumina ################################################### #permutationIlmn <- mulPerm(Ilmn, Ilmn$Groups, np = 100, seed = 7) #optimizationIlmn <- mulOpt(permutationIlmn, vm = seq(0.1,0.5, 0.1), vt = seq(1,3, 0.1)) ################################################### ### code chunk number 19: IlmnMulcomGene ################################################### # ,echo=F, results=hide ## 1h #h1OptIlmn <- mulParOpt(permutationIlmn,optimizationIlmn,1,0.05) #IlmnMulc1ProbesIlmn <- mulDiff(Ilmn, permutationIlmn, h1OptIlmn[2], h1OptIlmn[1], 1) ## 6h #h6OptIlmn <- mulParOpt(permutationIlmn,optimizationIlmn,2,0.05) #IlmnMulc6ProbesIlmn <- mulDiff(Ilmn, permutationIlmn, h6OptIlmn[2], h6OptIlmn[1], 2) ## 24h #h24OptIlmn <- mulParOpt(permutationIlmn,optimizationIlmn,3,0.05) #IlmnMulc24ProbesIlmn <- mulDiff(Ilmn, permutationIlmn, h24OptIlmn[2], h24OptIlmn[1], 2) # B4 #b4OptIlmn <- mulParOpt(permutationIlmn,optimizationIlmn,4,0.05) #IlmnMulcB4ProbesIlmn <- mulDiff(Ilmn, permutationIlmn, b4OptIlmn[2], b4OptIlmn[1], 4) #Ilmnmulcom <- Ilmn[which(match(featureNames(Ilmn), unique(c(IlmnMulc24ProbesIlmn, IlmnMulc1ProbesIlmn, IlmnMulc6ProbesIlmn, IlmnMulcB4ProbesIlmn)), nomatch = 0)>0),] #mulcomGeneListIlmn <- unique(c(IlmnMulc24ProbesIlmn, IlmnMulc1ProbesIlmn, IlmnMulc6ProbesIlmn, IlmnMulcB4ProbesIlmn)) ################################################### ### code chunk number 20: Intersetction ################################################### data("others") mulAffy <- rep(0, length(AffyIlmn$Probe.x)) mulAffy[which(match(AffyIlmn$Probe.x, mulcomGeneList, nomatch=0)>0)] <-1 mulIlmn <- rep(0, length(AffyIlmn$Probe.x)) mulIlmn[which(match(AffyIlmn$Probe.y, mulcomGeneListIlmn, nomatch=0)>0)] <-1 mulConc <- mulAffy * mulIlmn mulTot <- length(which(mulAffy + mulIlmn >0)) sum(mulConc)/mulTot ################################################### ### code chunk number 21: MulcomVignette.Rnw:341-352 ################################################### mulIlmnSymbols <- unique(AffyIlmn[which(match(AffyIlmn$Probe.y, mulcomGeneListIlmn, nomatch = 0)>0),]$Symbol) mulAffySymbols <- unique(AffyIlmn[which(match(AffyIlmn$Probe.x, mulcomGeneList, nomatch = 0)>0),]$Symbol) mulIntSym <- length(intersect(mulIlmnSymbols, mulAffySymbols)) mulTotSym <- length(unique(c(mulIlmnSymbols, mulAffySymbols))) samIntSym <- length(intersect(samIlmnSymbols, samAffySymbols)) samTotSym <- length(unique(c(samIlmnSymbols, samAffySymbols))) limIntSym <- length(intersect(limmaIlmnSymbols, limmaAffySymbols)) limTotSym <- length(unique(c(limmaIlmnSymbols, limmaAffySymbols))) ################################################### ### code chunk number 22: MulcomVignette.Rnw:354-357 ################################################### mulIntSym/mulTotSym samIntSym/samTotSym limIntSym/limTotSym